Раздельный учёт НДС на УСН: правила 2026

С 1 января 2025 года упрощённая система налогообложения перестала быть «НДС-свободной зоной». Организации и ИП на УСН с годовым доходом свыше 60 млн рублей стали плательщиками НДС. В 2026 году правила работают в полную силу, и один из ключевых практических вопросов — как вести раздельный учёт НДС, если у налогоплательщика одновременно есть облагаемые и необлагаемые операции, или если он применяет пониженные ставки по отдельным видам деятельности.

Ниже — подробный разбор: кому нужен раздельный учёт, как его организовать, какие ошибки обходятся дороже всего и что делать, если учёт уже нарушен.

Кто платит НДС на УСН в 2026 году

Прежде чем говорить о раздельном учёте, зафиксируем базовую конструкцию, которая действует с 2025 года и сохраняется в 2026-м.

Освобождение от НДС получают налогоплательщики на УСН, чей доход за предшествующий год не превысил 60 млн рублей (пункт 1 статьи 145 НК РФ в редакции, действующей с 2025 года). Освобождение применяется автоматически — уведомлять налоговый орган не нужно.

Пониженные ставки НДС применяют те, чей доход за предшествующий год составил от 60 до 250 млн рублей:

• 5% — при доходе от 60 до 250 млн рублей;
• 7% — при доходе от 250 до 450 млн рублей.

При выборе пониженной ставки налогоплательщик обязан применять её непрерывно в течение 12 последовательных кварталов, если не утратит право на УСН раньше (пункт 8 статьи 164 НК РФ).

Стандартные ставки (20%, 10%, 0%) применяют те, кто превысил порог 450 млн рублей или добровольно отказался от пониженных ставок.

Важно: при применении пониженных ставок (5% и 7%) налогоплательщик не вправе принимать входящий НДС к вычету — он включает его в стоимость товаров, работ, услуг (пункт 2 статьи 170 НК РФ). Это принципиально меняет логику раздельного учёта по сравнению с общим режимом.

Когда возникает необходимость раздельного учёта

Раздельный учёт НДС на УСН нужен в нескольких ситуациях.

Ситуация 1. Часть операций облагается НДС, часть освобождена. Например, компания на УСН с доходом 80 млн рублей в год реализует товары (облагаются НДС по ставке 5%) и одновременно оказывает медицинские услуги (освобождены от НДС по подпункту 2 пункта 2 статьи 149 НК РФ). Входящий НДС по общехозяйственным расходам нужно распределять между облагаемыми и необлагаемыми операциями.

Ситуация 2. Применяются разные ставки НДС. Если налогоплательщик реализует товары по ставке 10% (продукты питания, детские товары) и одновременно — по ставке 5% или 20%, учёт входящего налога ведётся раздельно по каждой ставке.

Ситуация 3. Часть деятельности освобождена от НДС по статье 149 НК РФ. Перечень освобождённых операций в статье 149 НК РФ не изменился. Если «упрощенец» стал плательщиком НДС, но часть его операций попадает под освобождение, он обязан вести раздельный учёт — иначе теряет право на освобождение по статье 149 (пункт 4 статьи 149 НК РФ).

Ситуация 4. Переход с освобождения на уплату НДС в течение года. Если доход превысил 60 млн рублей в середине года, налогоплательщик становится плательщиком НДС с 1-го числа месяца, следующего за месяцем превышения. До этого момента НДС не начислялся — входящий налог учитывался в расходах или в стоимости активов. После перехода нужно выстраивать раздельный учёт с нуля.

Правила раздельного учёта: что говорит НК РФ

Основная норма — пункт 4 статьи 170 НК РФ. Она обязывает налогоплательщиков, осуществляющих как облагаемые, так и необлагаемые операции, вести раздельный учёт сумм НДС по приобретённым товарам, работам, услугам, имущественным правам.

При отсутствии раздельного учёта:

• суммы входящего НДС к вычету не принимаются;
• суммы входящего НДС в расходы по налогу на прибыль (или по УСН «доходы минус расходы») не включаются.

Это прямо установлено абзацем 6 пункта 4 статьи 170 НК РФ. Для «упрощенца» на ставке 5% или 7%, который и без того не принимает НДС к вычету, это означает потерю права учесть входящий налог в расходах.

Пропорция распределения

Для расходов, которые невозможно прямо отнести к облагаемым или необлагаемым операциям, применяется пропорция (абзац 4 пункта 4 статьи 170 НК РФ):

Доля облагаемых операций = Стоимость отгруженных товаров (работ, услуг), облагаемых НДС / Общая стоимость отгруженных товаров (работ, услуг) за квартал

Пропорция рассчитывается за налоговый период — квартал. Данные берутся без учёта НДС.

Пример расчёта. Компания на УСН (ставка НДС 5%) за I квартал 2026 года:

• реализовала товары, облагаемые НДС: 4 000 000 руб. (без НДС);
• оказала медицинские услуги, освобождённые от НДС: 1 000 000 руб.

Доля облагаемых операций: 4 000 000 / (4 000 000 + 1 000 000) = 80%.

Входящий НДС по общехозяйственным расходам (аренда офиса, связь, канцелярия) составил 50 000 руб.

• 80% × 50 000 = 40 000 руб. — включается в стоимость товаров/услуг (при ставке 5% вычет не применяется, сумма относится на расходы по УСН);
• 20% × 50 000 = 10 000 руб. — относится на расходы по необлагаемым операциям.

«Правило пяти процентов»

Пункт 4 статьи 170 НК РФ содержит так называемое «правило пяти процентов»: если доля расходов на необлагаемые операции не превышает 5% от общей суммы расходов за квартал, налогоплательщик вправе не вести раздельный учёт и принять к вычету весь входящий НДС.

Однако для «упрощенцев» на ставке 5% или 7% это правило работает иначе: поскольку они не применяют вычеты в принципе, «правило пяти процентов» даёт им право не распределять входящий НДС, а полностью включать его в расходы. Это удобно, но требует документального подтверждения, что доля необлагаемых расходов действительно не превышает 5%.

Из практики: как раздельный учёт защищает от доначислений

Кейс 1. Компания на УСН (Уральский ФО, начало 2026 года) совмещала торговлю строительными материалами (НДС 5%) с субарендой нежилых помещений физическим лицам (операция освобождена от НДС по подпункту 10 пункта 2 статьи 149 НК РФ). Раздельный учёт не вёлся: весь входящий НДС по аренде склада и офиса списывался в расходы единой суммой. По итогам камеральной проверки декларации за IV квартал 2025 года инспекция доначислила НДС около 4,2 млн рублей, сославшись на отсутствие раздельного учёта и невозможность подтвердить правомерность отнесения входящего налога на расходы. В ходе досудебного обжалования удалось восстановить раздельный учёт ретроспективно — на основании первичных документов, счетов-фактур и аналитических регистров. УФНС отменило доначисление в полном объёме: налогоплательщик доказал, что пропорция была соблюдена, а расходы по необлагаемым операциям не превышали 5% от общей суммы. Итог — доначисление снято, штраф не применён.

Как организовать раздельный учёт на практике

Шаг 1. Классифицируйте все операции

Составьте реестр всех видов деятельности и присвойте каждому статус:

• облагается НДС (укажите ставку: 5%, 7%, 10%, 20%);
• освобождено от НДС по статье 149 НК РФ (укажите подпункт);
• не является объектом налогообложения (статья 146 НК РФ).

Шаг 2. Разделите расходы на прямые и косвенные

Прямые расходы — те, которые можно однозначно отнести к конкретному виду деятельности. Входящий НДС по ним учитывается без распределения:

• если расход относится к облагаемой деятельности — НДС включается в стоимость (при ставке 5%/7%) или принимается к вычету (при стандартных ставках);
• если расход относится к необлагаемой деятельности — НДС включается в стоимость товаров/услуг или в расходы.

Косвенные (общехозяйственные) расходы — аренда офиса, коммунальные услуги, связь, бухгалтерское обслуживание. Входящий НДС по ним распределяется по пропорции.

Шаг 3. Настройте аналитику в учётной системе

В бухгалтерской программе (1С, Контур, иная) создайте субсчета к счёту 19 «НДС по приобретённым ценностям»:

• 19.1 — НДС по операциям, облагаемым по ставке 5%;
• 19.2 — НДС по операциям, облагаемым по стандартным ставкам;
• 19.3 — НДС по операциям, освобождённым от налога;
• 19.4 — НДС по общехозяйственным расходам (до распределения).

Аналогичную аналитику настройте к счетам учёта выручки (90) и расходов (44, 26, 20).

Шаг 4. Закрепите методику в учётной политике

Порядок ведения раздельного учёта обязательно должен быть закреплён в учётной политике для целей налогообложения (пункт 4 статьи 170 НК РФ). Без этого налоговый орган вправе оспорить применяемую методику.

В учётной политике укажите:

• перечень видов деятельности с их налоговым статусом;
• порядок отнесения расходов к прямым и косвенным;
• базу для расчёта пропорции (выручка без НДС за квартал);
• порядок применения «правила пяти процентов» (если применяете);
• форму аналитических регистров раздельного учёта.

Шаг 5. Формируйте регистры ежеквартально

По итогам каждого квартала составляйте:

• Регистр распределения входящего НДС — с расчётом пропорции и суммами по каждому субсчёту;
• Справку о доле расходов на необлагаемые операции — если применяете «правило пяти процентов».

Эти документы — ваша защита при камеральной и выездной проверке.

Особенности для УСН «доходы минус расходы»

Если налогоплательщик применяет УСН с объектом «доходы минус расходы», входящий НДС, который не принят к вычету (а при ставках 5% и 7% вычет не применяется в принципе), включается в расходы по подпункту 8 пункта 1 статьи 346.16 НК РФ — как расходы на уплату налогов и сборов.

Однако это правило работает только при наличии раздельного учёта. Если учёт не ведётся, налоговый орган откажет в признании входящего НДС расходом — и пересчитает налоговую базу по УСН в сторону увеличения.

Для УСН «доходы» входящий НДС в расходах не учитывается в принципе — объект налогообложения не предполагает учёта расходов. Раздельный учёт в этом случае нужен только для корректного исчисления НДС к уплате.

Переход с освобождения на уплату НДС: что делать с остатками

Когда доход превышает 60 млн рублей и налогоплательщик становится плательщиком НДС, возникает вопрос: что делать с входящим НДС по товарам, работам, услугам, приобретённым в период освобождения?

Ответ однозначный: восстановить вычет нельзя. Входящий НДС, учтённый в стоимости активов или в расходах в период освобождения, остаётся там. Новый раздельный учёт начинается с 1-го числа месяца, в котором возникла обязанность платить НДС.

Исключение — основные средства и нематериальные активы. Если они приобретены в период освобождения и продолжают использоваться после перехода на уплату НДС, восстановление вычета по ним также не предусмотрено. Это прямо следует из пункта 8 статьи 145 НК РФ (в части восстановления НДС при утрате права на освобождение по статье 145).

Типичные ошибки и их последствия

Ошибка 1. Раздельный учёт не закреплён в учётной политике. Последствие: налоговый орган вправе не признать применяемую методику и отказать в учёте входящего НДС в расходах. Доначисление налога по УСН плюс пени.

Ошибка 2. Пропорция рассчитывается по данным за месяц, а не за квартал. Последствие: искажение базы распределения. При проверке инспекция пересчитает пропорцию за квартал — возникнет недоимка или переплата.

Ошибка 3. В пропорцию включается выручка с НДС, а не без НДС. Последствие: завышение доли облагаемых операций, неверное распределение входящего налога. Пункт 4 статьи 170 НК РФ прямо указывает: стоимость отгруженных товаров берётся без учёта НДС.

Ошибка 4. «Правило пяти процентов» применяется без расчёта и документального подтверждения. Последствие: при проверке инспекция потребует расчёт доли расходов на необлагаемые операции. Если расчёта нет — правило не применяется, весь входящий НДС по общехозяйственным расходам подлежит распределению.

Ошибка 5. Операции по статье 149 НК РФ не выделены в учёте. Последствие: потеря права на освобождение по статье 149 НК РФ в части соответствующих операций (пункт 4 статьи 149 НК РФ). Инспекция доначислит НДС по стандартной или пониженной ставке со всей выручки.

Ошибка 6. Входящий НДС по необлагаемым операциям принят к вычету. Последствие: доначисление НДС, пени, штраф 20% от суммы неуплаченного налога (статья 122 НК РФ). При умысле — 40%.

Из практики: восстановление учёта после проверки

Кейс 2. ИП на УСН «доходы минус расходы» (Северо-Западный ФО, весна 2026 года) оказывал услуги по разработке программного обеспечения (освобождение от НДС по подпункту 26 пункта 2 статьи 149 НК РФ) и одновременно продавал готовые программные продукты физическим лицам (операция облагается НДС по ставке 5%). Раздельный учёт не вёлся: весь входящий НДС по расходам на оборудование, облачные сервисы и аренду рабочих мест списывался в расходы единой суммой. По итогам выездной проверки инспекция доначислила НДС свыше 7 млн рублей, исключила из расходов по УСН весь входящий НДС и доначислила налог по УСН. В ходе обжалования в арбитражном суде удалось доказать, что доля расходов на необлагаемые операции (разработка ПО) составляла менее 5% от общей суммы расходов — «правило пяти процентов» применялось обоснованно. Суд признал доначисление НДС незаконным в части, относящейся к общехозяйственным расходам. Итог — доначисление снижено более чем на 60%, штраф пересчитан пропорционально.

Раздельный учёт при совмещении УСН и патента

Отдельная ситуация — совмещение УСН и патентной системы налогообложения (ПСН). Плательщики ПСН НДС не платят (за исключением случаев, предусмотренных пунктом 11 статьи 346.43 НК РФ). Если налогоплательщик совмещает УСН (с обязанностью платить НДС) и ПСН, он обязан вести раздельный учёт доходов и расходов по каждому режиму (пункт 8 статьи 346.18 НК РФ).

Входящий НДС по расходам, относящимся к деятельности на ПСН, к вычету не принимается и в расходах по УСН не учитывается. Входящий НДС по общим расходам распределяется пропорционально доле выручки от деятельности на УСН в общей выручке.

Методику распределения также необходимо закрепить в учётной политике.

Сроки уплаты НДС и представления декларации в 2026 году

Для «упрощенцев», ставших плательщиками НДС, сроки стандартные:

• Декларация по НДС — не позднее 25-го числа месяца, следующего за истёкшим кварталом (пункт 5 статьи 174 НК РФ);
• Уплата НДС — равными долями не позднее 28-го числа каждого из трёх месяцев, следующих за истёкшим кварталом (пункт 1 статьи 174 НК РФ).

Исключение: если налогоплательщик применяет ставку 5% или 7% и сумма НДС к уплате за квартал не превышает 100 000 рублей, он вправе уплатить налог единовременно — не позднее 28-го числа месяца, следующего за кварталом. Это не прямая норма НК РФ, а практика применения общего правила о несущественных суммах — уточняйте актуальный порядок в своей инспекции.

Чек-лист: раздельный учёт НДС на УСН в 2026 году

✅ Определён статус каждого вида деятельности (облагается / освобождено / не объект)

✅ Учётная политика содержит порядок раздельного учёта НДС

✅ В бухгалтерской программе настроены субсчета к счёту 19

✅ Расходы разделены на прямые (по видам деятельности) и косвенные (общехозяйственные)

✅ Пропорция рассчитывается ежеквартально на основе выручки без НДС

✅ Если применяется «правило пяти процентов» — есть расчёт и документальное подтверждение

✅ Регистры раздельного учёта формируются по итогам каждого квартала

✅ При совмещении УСН и ПСН — раздельный учёт по каждому режиму

✅ Декларация по НДС подаётся не позднее 25-го числа месяца после квартала

✅ НДС уплачивается равными долями до 28-го числа каждого из трёх месяцев после квартала

Итог

Раздельный учёт НДС на УСН — не бухгалтерская формальность, а инструмент защиты от доначислений. Его отсутствие лишает налогоплательщика права учесть входящий НДС в расходах, а в ряде случаев — и права на освобождение по статье 149 НК РФ. Цена ошибки — доначисление налога, пени и штраф до 40% от суммы недоимки.

Правила 2026 года не изменились по сравнению с 2025-м, но практика применения стала богаче: инспекции научились проверять «упрощенцев» на НДС так же тщательно, как и плательщиков на ОСН. Выстраивайте учёт заранее, закрепляйте методику в учётной политике и формируйте регистры ежеквартально — это существенно снижает риск претензий.

Если у вас возникли вопросы по организации раздельного учёта или вы получили требование от налогового органа — обращайтесь за консультацией. Мы разберём вашу ситуацию и предложим конкретные решения.

Дата публикации: 29.05.2026